กองคลัง เป็นหน่วยงานภายใต้สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยเริ่มตั้งแต่วิทยาลัยวิชาการศึกษาพิษณุโลกได้เริ่มก่อตั้งในปี พ.ศ. 2510 ตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยวิชาการศึกษา พ.ศ.2497 สังกัดกรมการฝึกหัดครูกระทรวงศึกษาธิการ ต่อมาได้ยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัย ศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลก เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2517 ในระหว่างนี้ มีสถานะเป็นงานการเงินและบัญชีขึ้นกับกองธุรการวิทยาเขต มีภารกิจในการควบคุมการเบิกจ่ายเงินตลอดจนการรับเงินค่าลงทะเบียนนิสิต และเรื่องอื่นๆ ที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย ในปี พ.ศ.2533 รัฐบาลได้มีมติยกฐานะมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลกเป็นมหาวิทยาลัยนเรศวร และได้มีประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร พ.ศ.2534 และที่แก้ไขเพิ่มเติมได้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดีเป็น 4 กอง ดังนี้

(1) กองกลาง
(2) กองกิจการนิสิต
(3) กองบริการการศึกษา
(4) กองแผนงาน

ขณะนั้นงานคลังและพัสดุได้สังกัดอยู่กับกองกลาง ต่อมาได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้จัดตั้งงานคลังและพัสดุ สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นกองคลัง เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2544 และได้แบ่งงานในกองคลังออกเป็น 8 งาน คือ

(1) งานการเงินงบประมาณ 1
(2) งานการเงินงบประมาณ 2
(3) งานการเงินรายได้
(4) งานงบประมาณ
(5) งานธุรการ
(6) งานบัญชี
(7) งานพัสดุ 1
(8) งานพัสดุ 2

สำนักงานอธิการบดีได้มีการปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนงานภายใน ตามมติสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ 207(5/2558) เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2558 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม 2558 ซึ่งกองคลังได้รับการปรับโครงสร้างส่วนงานใหม่ออกเป็น 5 งาน คือ

(1) งานการเงินรับ
(2) งานการเงินจ่าย
(3) งานพัสดุ
(4) งานเงินเดือนและสวัสดิการ
(5) งานบัญชีและวิเคราะห์งบการเงิน

 

ต่อมาสำนักงานอธิการบดีได้มีการปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนงานภายในตามมติสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ 281 (2/2564) เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2564 ซึ่งกองคลังได้รับการปรับโครงสร้างใหม่ออกเป็น 6 งาน คือ

(1) งานการเงินรับ
(2) งานการเงินจ่าย
(3) งานพัสดุ
(4) งานเงินเดือนและสวัสดิการ
(5) งานบัญชีและวิเคราะห์งบการเงิน
(6) งานอำนวยการ